Fabuła przenosi nas do XVI wiecznych Chin za czasów panowania dynastii Ming. Nowy cesarz postanawia przeprowadzić czystki polityczne, przez co cesarstwo zaczyna popadać w chaos. Jedyną osobą, która jest w stanie uratować podupadający kraj, jest ostatnią z chińskich asasynów – Shao Jun. Wszyscy pozostali członkowie zostali wymordowani. Jak można się łatwo domyślić, głównym motywem mangi będzie zemsta. Dodatkowo fabuła tutaj przedstawiona kontynuuje wątek skrytobójczyni z krótkometrażowego filmu Assassin’s Creed: Embers, w którym bohaterka spotyka wielkiego mentora włoskich asasynów – Ezio Auditore.

Minoji Kurata, autorka Miecza Shao Jun, nie traci czasu, bo tylko zaledwie parę stron jest poświęcone na ekspozycję. Po takim krótkim wprowadzeniu jesteśmy od razu wrzucani w wir akcji. Wieloletni fani serii mogą być z tego faktu zadowoleni, gdyż po krótkim przypomnieniu historii, przechodzimy do zupełnie nowej opowieści. Akcja komiksu jest niezwykle szybka i ani na chwilę nie zwalnia tempa. Choć ja prywatnie wolałbym trochę wolniejsze tempo. Wyjątkiem jest wątek współczesności, który w małym stopniu to moje małe pragnienie zaspokaja. Lisa Huang, to potomkini Shao Jun, która poddaje się leczeniu, aby pozbyć się agresji. Młoda kobieta nie wie jednak, że przez cały czas jest wykorzystywana przez Templariuszy. Póki co nie dzieje się tam zbyt wiele, ale znając tę markę, jest to jedynie cisza przed burzą.